Bio-informatique

Généralités

La bio-informatique est l'application de méthodes de calcul en recherche biologique et biomédicale qui comporte souvent des données à grande échelle générées par le séquençage de nouvelle génération (NGS), la protéomique, la métabolomique et d'autres technologies expérimentales à haut débit. Les flux de travail courants sur les systèmes de calcul haute performance incluent l'assemblage du génome et du transcriptome, l'appel de variants, la quantification de l'expression génétique, le profilage épigénomique et l'intégration multi-omique.

Bien que la bio-informatique recoupe des domaines comme la biologie computationnelle et la biologie des systèmes, l'utilisation d'outils spécialisés avec de vastes ensembles de données la rend particulièrement adaptée aux environnements de calcul haute performance. L'Alliance prend en charge un large éventail d'applications et de flux de travail bio-informatiques par des modules préinstallés, des environnements conteneurisés et des systèmes de gestion des flux de travail.

Une équipe nationale dédiée à la bio-informatique est disponible pour vous accompagner dans le choix d'outils et le développement et l'optimisation des pipelines. Pour une liste détaillée des logiciels pris en charge, voir la liste ci-dessous.

Logiciels disponibles

Voyez la liste des modules disponibles sur nos grappes. Cliquez sur l'entête de la colonne Type; le type bio identifie les applications en bio-informatique.

De nombreux logiciels peuvent être installés via Conda. Nous ne prenons pas directement en charge l'utilisation de Conda sur nos systèmes pour des raisons expliquées à la page Anaconda. Cependant, vous pouvez créer un environnement Conda dans un conteneur Apptainer; voir Travailler avec Conda pour les détails.

Plusieurs de ces logiciels sont disponibles sous forme de paquets Python. Les paquets adaptés à nos systèmes se trouvent sur notre page Wheels Python. Vous trouverez d'autres paquets sur l'internet. Pour plus d'information, voir notre page Python.

Données

Plusieurs bases de données sont disponibles sur nos grappes, dont la base de données non redondante BLAST du NCBI, la base de données génétiques d'AlphaFold et la base de données standard de Kraken2 :

• voir le répertoire /cvmfs/bio.data.computecanada.ca

Pour d'autres bases de données et ensembles de données, voir

• /cvmfs/ref.mugqic (prise en charge par C3G, voir ci-dessous)
• /cvmfs/ref.galaxy
• /cvmfs/public.data.computecanada.ca
• /datashare Graham Reference Dataset Repository, documentation externe

Veuillez noter que ce ne sont pas tous les ensembles de données qui sont disponibles sur toutes nos grappes et que le service de soutien technique peut varier selon le système. Cependant, nous tenterons de vous assister lorsque c'est possible.

Ressource externe de soutien

Affilié à l'Université McGill, le Centre canadien de génomique computationnelle (C3G) collabore avec l'Alliance pour offrir des services de bio-informatique sur mesure et soutient la communauté de recherche en tant que membre de l'équipe nationale de bio-informatique de l'Alliance. Le C3G maintient deux référentiels CVFMS :

• soft.mugqic qui contient de nombreux outils de bio-informatiques open source installés sous forme de modules,
• ref.mugqic qui contient des génomes de référence et leurs indices et annotations pour de nombreux organismes modèles courants.

Pour toute demande ou question concernant les référentiels mugqic, contactez le C3G à [1] ou via leur site Web computationalgenomics.ca.